А что в договоре написано про срок подписания актов ? Обычно клиент обязан подписать акт в теч. N дней или направить мотивированный отказ от подписания в этот же срок.

А у вас есть документ, что вы передали им акты ? Их зарегистрировали в канцелярии Заказчика с исходящим  номером, либо может быть у вас есть квитанция от заказного письма или курьерской службы ?

Единственный вариант - суд. В суде доказывать, что вы действительно что-то отгружали Заказчику, приводить свидетелей, какие-нибудь логи и т.д. Тяжба довольно трудная будет. Если заказчик серьезный - выставит вам хорошее адвокатское бюро. В общем, при цене вопроса в 450 тыс. руб я бы не ввязывался.

Задним умом, конечно, все хороши, но при первых подозрениях, что Заказчик хочет спрыгуть надо было обычным Заказным письмом почты России ему отправить акты. И эта квитанция была бы довольно серъезным аргументом в споре. 

Если отношения с Заказчиком не испорчены окончательно, то и из такой ситуации, как ни странно, тоже можно попробовать извлечь пользу. Будьте лояльны к Заказчику ( а что еще остается делать?  ), убедитите его, что вы серьезная компания, и каждый ваш клиент - это ваш партнер, а партнеров вы не бросаете в трудную для них минуту, что вы все понимаете и готовы подождать оплаты и т.д. и т.п. Если ваш Заказчик выплывет, значит ему опять понадобиться ваш софт и Вы. В случае продолжения контракта рейтинг Вашей компании в кругу компаний Заказчика будет просто фантастическим!

При наличии у ЗАКАЗЧИКА обоснованных замечаний к выполненным ИСПОЛНИТЕЛЕМ работам при сдаче-приемке работ СТОРОНАМИ оформляется Протокол с перечнем необходимых доработок и сроков их выполнения. Доработки выполняются за счет и силами ИСПОЛНИТЕЛЯ. При этом ИСПОЛНИТЕЛЬ не освобождается от ответственности за просрочку выполнения работ.